Межрайонная ИФНС России № 12 по Вологодской области сообщает следующее.

В соответствии с пунктом 2 статьи 346.26 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) на уплату единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности могут переводиться налогоплательщики, осуществляющие предпринимательскую деятельность в сфере розничной торговли через магазины и павильоны с площадью торгового зала не более 150 кв. м по каждому объекту организации торговли, через объекты стационарной торговой сети, не имеющей торговых залов, а также объекты нестационарной торговой сети.
Согласно статье 346.27 Кодекса к розничной торговле относится предпринимательская деятельность, связанная с торговлей товарами (в том числе за наличный расчет, а также с использованием платежных карт) на основе договоров розничной купли-продажи.
Одновременно следует отметить, что положениями пункта 2.2 статьи 346.26 Кодекса установлены ограничения для применения системы налогообложения в виде единого налога на вмененный доход.
Так, в соответствии с подпунктом 1 пункта 2.2 указанной статьи Кодекса на уплату единого налога на вмененный доход не переводятся организации и индивидуальные предприниматели, среднесписочная численность работников которых за предшествующий календарный год, определяемая в порядке, устанавливаемом федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным в области статистики, превышает 100 человек. При этом среднесписочная численность работников должна определяться в целом по всей организации.
При этом согласно Федеральному закону от 26 ноября 2008 г. N 224-ФЗ «О внесении изменений в часть первую, часть вторую Налогового кодекса Российской Федерации и отдельные законодательные акты Российской Федерации» положения подпункта 1 пункта 2.2 статьи 346.26 Кодекса применяются в отношении аптечных учреждений, признаваемых таковыми в соответствии с Федеральным законом от 22 июня 1998 г. N 86-ФЗ «О лекарственных средствах» (далее — Закон N 86-ФЗ), начиная с 1 января 2011 г.
В соответствии с абзацем четвертым статьи 4 Закона N 86-ФЗ аптечным учреждением признается организация, осуществляющая розничную торговлю лекарственными средствами, изготовление и отпуск лекарственных средств в соответствии с требованиями данного Закона. К аптечным учреждениям относятся аптеки, аптеки учреждений здравоохранения, аптечные пункты, аптечные магазины, аптечные киоски.
Таким образом, при осуществлении розничной торговли готовыми лекарственными средствами через аптечные учреждения, признаваемые таковыми в соответствии с Законом N 86-ФЗ, до 1 января 2011 г. должна была применяться система налогообложения в виде единого налога на вмененный доход независимо от среднесписочной численности работников.
В соответствии со статьей 70 Федерального закона от 12 апреля 2010 г. N 61-ФЗ «Об обращении лекарственных средств» (далее — Закон N 61-ФЗ) Закон N 86-ФЗ утратил силу с 1 сентября 2010 г. и в настоящее время действуют нормы Закона N 61-ФЗ.
На основании статьи 4 Закона N 61-ФЗ под аптечной организацией понимается организация, структурное подразделение медицинской организации, осуществляющие розничную торговлю лекарственными препаратами, хранение, изготовление и отпуск лекарственных препаратов для медицинского применения в соответствии с требованиями Закона N 61-ФЗ.
При этом во исполнение Закона N 61-ФЗ Приказом Минздравсоцразвития России от 27 июля 2010 г. N 553н «Об утверждении видов аптечных организаций» (далее — Приказ N 553н) утверждены следующие виды аптечных организаций: аптека (готовых лекарственных форм, производственная, производственная с правом изготовления асептических лекарственных препаратов), аптечный пункт, аптечный киоск.
Таким образом, в целях определения аптечных организаций (ранее — учреждений), имеющих право применять в период с 1 сентября 2010 г. по 1 января 2011 г. систему налогообложения в виде единого налога на вмененный доход следует руководствоваться положениями Закона N 61-ФЗ и Приказом N 553н.
По нашему мнению, если в аптечной организации осуществлялась розничная торговля лекарственными средствами и прочими товарами медицинского назначения в соответствии с требованиями Закона N 61-ФЗ и Приказа N 553н, а также при условии соблюдения положений главы 26.3 Кодекса, такая аптечная организация должна была применять систему налогообложения в виде единого налога на вмененный доход в отношении осуществляемой деятельности в период с 1 сентября 2010 г. по 31 декабря 2010 г., поскольку ограничение по среднесписочной численности в отношении аптечных организаций (учреждений) действует начиная с 1 января 2011 г.
Основание: Письмо ФНС РФ от 21.04.2011 N КЕ-4-3/6460@ «О направлении письма
Министерства финансов Российской Федерации от 07.04.2011 N 03-11-09/22 о
порядке применения системы налогообложения в виде единого налога на вмененный
доход в отношении предпринимательской деятельности, осуществляемой аптечными
учреждениями (организациями)».